آب عنصر اصلی بومسازگانهای تالابی است و هر گونه تغییر در مقدار و كیفیت فیزیكی و شیمیایی آن به طور مستقیم تاثیر میگذارد. وضعیت آب یك تالاب به مقدار زیادی به منابع تامینكننده آن وابسته است و با بررسی كیفیت آب رودخانهها و منابع دیگری كه در نهایت به تالاب میریزد، میتوان به شناخت و مدیریت آب تالابها كمك كرد.
بر اساس مطالعات كمی انجام شده در حوزه آبریز گاوخونی مجموع ریزش جوی سالانه به 4/15 میلیارد متر مكعب میرسد كه از این مقدار 960 میلیون متر مكعب، یعنی یك شانزدهم آن در زایندهرود جاری میشود . زایندهرود به عنوان تنها منبع اصلی و مداوم تامینكننده آب تالاب از ارتفاعات زردكوه بختیاری واقع در استان چهارمحال بختیار سرچشمه میگیرد. این رودخانه با طی مسافتی در حدود 300 كیلو متر و در یك مسیر پر پیچ و خم در جهت جنوب شرقی اصفهان پیش میرود تا در نهایت به تالاب گاوخونی ختم میشود. كیفیت و كمیت آب زایندهرود در طول مسیر تحت تاثیر عوامل مختلف دگرگون شده در پایان آب بسیار ناچیز و با كیفیت بسیار متفاوت از لحاظ درجه شوری و میزان آلودگی به تالاب میریزد. با توسعه صنعت، گسترش كشاورزی و افزایش شهرنشینی، نیاز روزافزون به استفاده از آب زایندهرود بیشتر شد و با كاهش آب رودخانه اندیشه الحاق آب كوهرنگ به آن از زمانهای بسیار دور (شاه طهماسب صفوری- 930 ه . ق.) شكل گرفت. در ابتدا تلاشهای بسیار، اما ناموفقی توسط حاكمان و فرمانروایان وقت صورت پذیرفت تا این كه در نهایت عملیات جدید و موثر الحاق آب كوهرنگ در مهر ماه 1327 آغاز و در تاریخ مهرماه سال 1332 تونل شماه یك كوهرنگ افتتاح شد و آب كوهرنگ سرانجام به زایندهرود پیوست. این تونل در ارتفاع 2500 متری كوه كاركنان تعبیه شده است. طول تونل 2840 متر و پوشش داخلی آن بتون فولادی با ضخامت 25 الی 50 سانتیمتر است. حداكثر آبی كه میتواند از تونل عبور كند، 27 متر مكعب در ثانیه است .
تونل دوم كوهرنگ نیز در سال 1364 به بهرهبرداری رسید كه با همه تلاشهای انجام شده تالاب گاوخونی كمترین بهره را از آن داشته است و به نظر میرسد در اقداماتی كه سعی در افزایش آب زایندهرود داشتهاند، بیشتر منافع سودجویانه انسانها در نظر بوده و اندك توجهی به تاثیر این اقدامات بر حیات و بقای تالاب نشده است.
از طرف دیگر در زمانهای گذشته برای استفاده از آب زاینهرود در طول زمان سدهای سنتی توسط ساكنین مجاور بر روی رودخانه احداث شده است و با كمك سدهای مذكور و 105 مادی كه در دو طرف رودخانه احداث شدهاند، آب رودخانه بر اساس طومار معروقی منسوب به شیخ بهایی بین كشاورزان تقسیم میشده است. این استفاده سنتی و محدود از آب زایندهرود، گاوخونی را از دریافت آب تازه و شیرین محروم نمیكرد و حداقل در فصول زمستان سیلابهای عظیمی كه شكل میگرفت، آب بسیار زیادی را روانه تالاب میكرد تا این كه مسئولین امر به فكر احداث یك سد عظیم بر روی رودخانه افتادند. به این ترتیب در سال 1345 كار ساخت سد زایندهرود توسط یك شركت فرانسوی آغاز و در سال 1348 به بهرهبرداری رسید. این سد كه در 110 كیلومتری غرب اصفهان واقع شده است، دارای حداكثر ارتفاع 88 متر از بستر زایندهرود، طول تاج 450 متر و حجم مفید 1090 میلیون متر مكعب است. اگر چه اهداف از جمله آبیاری دشت اصفهان، تامین آب كارخانه ذوب آهن، حفظ آثار تاریخی، تامین برق و . . . در احداث زایندهرود مد نظر بوده، ولیكن تاثیر آن بر بومسازگان تالاب منفی بوده و رسیدن به اهداف فوق در واقع با از بین رفتن تدریجی تالاب همراه است.
روند كاهش حجم آب زایندهرود در طول مسیر تا بدانجا است كه پس از سد قدیمی شانزده ده در صد آب واقعی زایندهرود به صفر میرسد و از آن پس آب جاری رودخانه تنها شامل آب زهكشها، آب ناشی از زایش زمینهای مجاور و پساب فاضلابها است كه با كیفیت بسیار نامطلوب و خطرناك به طرف گاوخونی در جریان است. در این ارتباط در یك بررسی انجام شده (كلباسی- شریعتمداری 1369) بر روی تغییرات كیفی آب زایندهرود نتایج ذیل حاصل شده است:
الف) افزایش شوری آب زایندهورد در مسیر این رودخانه فوق العاده بالا بوده و قسمت اعظم آن مربوط به نواحی مجاور تالاب گاوخونی از شهر ورزنه به بعد میباشد. این شوری در پایینتر از پل ورزنه به اندازهای است كه حتی استفاده كشاورزی از آن برای اغلب گیاهان زراعی ممكن نیست.
ب) عمدهترین كاتیونها و آنیونهایی كه باعث افزایش شوری آب زایندهرود به ویژه در نواحی پایین دست رودخانه (بعد از سد شانزده ده میشوند در درجه اول سدیم و كلر و در درجه بعدی سولفات و منیزیم میباشند.
ج) افزایش چشمگیر غلظت عناصر سنگین بین پل اژیه و پل ورزنه هشدار دهنده است. اگرچه غلظت بیشتر این عناصر هنوز به حدی نیست كه برای كشاورزی ایجاد اشكال كند، ولی به طور قطع از نظر مصارف شرب برای انسان و دام و آبزیان پرورش یافته در این آب بدون اشكال نیست. در این ارتباط افزایش چشمگیر غلظت فسفر بعد از شهر اصفهان نگرانكننده است.
در بررسی دیگری بر روی كیفیت فیزیكی و شیمیایی آب تالاب در 3 نقطه متفاوت از بخش شمالی تالاب نمونهگیری به عمل آمده است. نتایج حاصل نشان میدهد كه رابطه مستقیمی بین افزایش دبی رودخانه با بهبود كیفیت و خصوصاً كاهش شوری آب تالاب وجود دارد و تاكیدی است بر این كه برای حفظ بومسازگان گاوخونی میبایست در كنار تامین آب كشاورزی، صنعتی و شهری، فكری برای تامین آب تالاب كرد. تنها در این صورت است كه این بومسازگان شاخص و ارزشمند و در عین حال فراموش شده، حیاتی دوباره یافته و چون دژی استوار در مقابل هجوم كویر ایستادگی خواهد كرد .
به این ترتیب زایندهرود پس از رسیدن به شهر ورزنه، آخرین شهر مجاور زایندهرود در حالی كه از سنگینی بار آلودگی ناشی از فاضلابهای وارد شده به آن رنج میبرد، با آب اندكش توان چندانی را برای رسیدن به تالاب ندارد و آهسته و آرام با حسرت داشتن جرعهای از آب شفاف كوهرنگ به طرف گاوخونی پیش میرود. پس از گذر از پل قدیمی ورزنه در یك مسیر پر پیچ و خم به طول 25 كیلومتر به مسیر خود ادامه میدهد و با عبور از سد شاخ كنار و روستاس مخروبه شاخ كنار شاخ میان به بخش شمالی تالاب میرسد. زایندهرود در اینجا یك پهنه وسیع در سه آبراهه اصلی به نام شاخ و آبراهههای متعدد فرعی منشعب شده و در شكلی همانند پنجه مرغابی (پنجیا) و در گسترهای با سیمای جنگلی (جنگلزار) به تالاب میریزد و كیفیت فیزیكی و شیمیایی آب تالاب را متاثر از خود میكند.
لازم به ذكر است كه علاوه بر زایندهرود، مسیلهای متعددی وجود دارند كه فقط در مواقعی كه بارندگی شدیدی اتفاق میافتد، آب را از ارتفاعات مشرف به گاوخونی هدایت میكرده و با گرم شدن هوا خشك میشوند. همچنین رودخانههای كوچك فصلی كه در بخش جنوبی حوضه در محدوده شهرضا و ایزدخواست جریان دارند، در ایامی از سال بدون اتصال به زاینده رود، مستقیماً آب خود را به تالاب میریزند.
