شواهد تاریخی نشان می‌دهند که از زمان ظهور مسیح(ع) که مقارن با حکومت سلسله اشکانی در ایران بود، مراکز کوچک و بزرگ مسیحی به تدریج در ایران شکل گرفتند. هرچند که ظهور اسلام و پذیرش آن از سوی ایرانیان، پیشرفت مسیحیت در ایران را کند کرد، اما در سده‌های نخستین اسلامی مراکز مسیحی پراکنده‌ای در بین النهرین، آذربایجان، همدان، فارس، سیستان، خراسان، آسیای مرکزی، سواحل خزر و ری وجود داشت.نزدیکی آذربایجان به مرزهای امپراتوری بیزانس و سرزمین ارمنستان موجب شد که از دوران باستان کلیساهایی در این منطقه ساخته شود. این کلیساها تا دوره صفویه فعال و بویژه محل عبادت و تبلیغ دینی ارامنه جلفا بودند. شاه عباس اول، ارمنیان جلفا بر کرانه جنوبی ارس را به اصفهان کوچ داد و محله‌ای به همین نام برایشان پی افکند که در قلب پایتخت صفویه یک جامعه خودگردان با امتیازهای ویژه بود.