این کلیسا که بعلت رنگ سیاه سنگهای استفاده شده در بنای آن به قره کلیسا معروف است در محلی بین مرکان و دره شام، در کنار رودخانه آق چای، به فاصله بیست کیلومتری کلیسای استپانوس مقدس، در غرب شهر جلفا، واقع در استان آذربایجان شرقی قرار دارد. این کلیسا بنایی است متعلق به قرن 16 میلادی. کلیسا در نقطه ای بنا شده است که از دو سمت جنوب و مشرق توسط صخرهها و کوههای اطراف به خوبی محافظت میشود. پلان کلیسا مستطیلی شکل با سمت شرق به غرب است. سقف آن بر روی دو قوس که بر روی چهار ستون قرار گرفته اند به دیوارهای شمالی و جنوبی متصل است. ورودی اصلی در قسمت غربی بنا قرار داشته و دارای سه نورگیر در سمت شمالی بنا است.مصالح بکار رفته در بنای کلیسا سنگ و ملاط است و سطح دیوارهای داخلی با گچ پوشانده شده است. محراب کلیسا که در شرق بنا قرار دارد دارای دو اطاق چهارگوش در دو سمت آن است. کلیسا فاقد حجاری بوده و تنها بر روی دیوار غربی دو سنگ صلیب حجاری شده مربوط به سالهای 1557 و 1576 میلادی قرار دارد که احتمالا از سنگهای دیوار قبلی کلیسا برداشته شده است. در نزدیکی کلیسا بقایای ویرانه هایی از خانه های روستایی و قبرستان ارامنه با تعدادی سنگ صلیب قرار دارد که اکثرا تاریخ قرن 17 را نشان میدهند.
